複数種について遺伝子機能情報を収集したGene Curation DSのリンクをPlant GARDENトップページに張りました。 複数種のそれぞれについて、文献から抽出した遺伝子機能情報、プライマー情報、ストレス耐性候補遺伝子、特許関連遺伝子、既知配列(UniProtKB、Araport)...
RNA-Seq Workflow (hisat2)を解析ツール一覧ページから公開しました。 シークエンスリードデータのクオリティ評価、トリミング、参照ゲノムへのマッピング、遺伝子/転写産物単位でのマップされたリード量を計測することで遺伝子発現量の推定を...
merge-gvcfを解析ツール一覧ページから公開しました。 複数のvcf(variant call format)またはgVCF(genomic VCF)ファイルを1つに統合できるツールです。Plant GARDENから...
gz2bgzを解析ツール一覧ページから公開しました。 gz2bgzは、標準的なgzip(.gz)またはbzip2(.bz2)ファイルをゲノム解析で標準的に使われるブロックgzip(bgzip)形式に変換するツールで...
JBrowseContainerを解析ツール一覧ページから公開しました。 SNP Workflowで実施した結果をはじめ、お手持ちのデータとPlant GARDENのデータの視覚的な比較をゲノムブラウザJBrowse上で実施できるツー...